Overzicht restauratie
De orgelkassen werden hersteld. Dit gold met name kleine gebreken als het passend maken van luiken en deuren en restauratie van scheuren in grotere ornamenten. De kassen en frontpijpen werden gereinigd. Nadat vastgesteld was dat het eikenhout van de kassen oorspronkelijk van een donkere afwerklaag was voorzien, werd besloten de kas in de was te zetten waardoor maximale expressiviteit van het front wordt verkregen.
De windvoorziening onderging algeheel herstel. Van het reconstrueren van de in 1921 weggenomen achtste spaanbalg werd afgezien. Scheuren of open naden in de balgbladen werden gedicht, de belering van de balgen werd integraal vernieuwd. Lekkages in kanalen werden hersteld, de kanalen voor het zwelwerk werden afgekoppeld en de hiertoe gemaakte openingen werden weer dichtgemaakt. De oude windmachine is vervangen voor een nieuw exemplaar, de pneumatische hoofdwerktremulant werd verwijderd ten gunste van een nieuwe klassieke opliggende tremulant. Het zwelwerk kreeg een geheel nieuwe, eigen windvoorziening.
Bij de klavieren werd speling weggenomen. Het beleg op de ondertoetsen, dat vooral bij het hoofdwerk sterk uitgesleten was werd gesaneerd door het beste oude beleg op het derde klavier toe te passen en de beide andere klavieren van nieuw beleg te voorzien. Het pedaalklavier werd vernieuwd in Bätz-stijl met toevoeging van twee extra toetsen voor cis¹ en d¹, die zijn verbonden aan de pedaalkoppel. Voor de nieuwe zwelwerkregisters zijn enkele registerknoppen bijgemaakt. De waarschijnlijk uit 1837 daterende registeropschriften zijn ongewijzigd.
Bij het registermechaniek werden voorkomende gebreken hersteld. De ten behoeve van het zwelwerk aanwezige pneumatiek werd verwijderd uit de onderkas.
Van het speelmechaniek werd alle draadwerk vernieuwd, tevens werden alle leermoeren door nieuwe vervangen. De speling in de bevestiging van walsen werd hersteld, de abstractuur werd nagezien waarbij de benaaiing waar nodig vernieuwd werd, aangetroffen speling in winkelbalken werd weggenomen.

​

Restauratie van de windladen van hoofdwerk en bovenwerk stond centraal bij deze laatste restauratiefase. Anders dan bij de vorige fasen werden de drie windladen (twee voor het hoofdwerk en een voor het bovenwerk) niet voorzien van een dekplaat, maar in plaats hiervan van doorgaande belering aan de onderzijde achter de ventielkasten. Ook de ventielkasten en ventielen zelf werden opnieuw beleerd. Bij de windlade van het bovenwerk werden de aangeboorde gaten voor de pneumatiek van het zwelwerk en voor de uitbreidin-gen uit 1948 gedicht. Een soortgelijke ingreep moest ook worden toegepast bij de reeds in 1988 gerestaureerde pedaalwindladen.
De tracturen van het zwelwerk werden gewijzigd, waarbij alle pneumatiek werd verwijderd. De registertractuur werd elektrisch, voor de registers aangelegd vanaf de knoppen, voor wat betreft de speeltractuur via speciale contacten vlak onder de ventielkasten van bovenwerkladen en pedaalladen.

​

In de dispositie van het Bätz-orgel werd niets gewijzigd. Het bovenwerk behield een Nasard 3 voet, waarvoor nu nieuw pijpwerk in Bätz-factuur 1837 werd gemaakt. Het zwelwerk werd echter, als resultaat van overleg tijdens het werk, niet met één, maar met twee registers vergroot. Hiervoor werden twee nieuwe registercancellen gemaakt, die tegen de bestaande lade werden geplaatst. Aan de bestaande dispositie van het zwelwerk werd toegevoegd de Octaaf 4 voet, die in 1948 door Bik aan het bovenwerk was toegevoegd, alsmede een aangekochte Basson-Hobo 8 voet uit de bouwtijd van het zwelwerk.

​

Het pijpwerk werd nagezien op voorkomende gebreken. Alle pijpen behielden hun aangetroffen positie. In januari 2007 werd het labiaalpijp-werk van hoofdwerk en bovenwerk, met oog op kwetsbaarheid tijdens schilderwerk in de kerk (met name door de aanwezigheid van steigers), naar de werkplaats in Zaandam overgebracht. Voorafgaand aan het herstel zijn de mensuren hiervan opgemeten door Rudi van Straten, namens de Rijksdienst voor Archeologie, Cultuurlandschap en Monumenten betrok-ken bij de restauratie. Het pijpwerk van de tongwerken bleef in de kerk en is eveneens opgemeten.Tijdens het proces van de afwerking van de klank zijn ook aan de tongwerken van rugwerk en pedaal nog aangetroffen gebreken hersteld.Na remontage van alle onderdelen is de klankgeving met respect voor het bestaande, monumentale en geliefde karakter op zorgvuldige en terughoudende wijze benaderd. In de eerste plaats stond hierbij de aangetroffen winddruk ter discussie. Een druk van 87 mm was binnen het kader van zowel de eerste als de latere generatie Bätz niet eerder aangetroffen. Een meer plausibele druk van 78 mm leverde op alle punten meer souplesse, meer versmelting en meer charme op, zonder verlies van vitaliteit. Dat ook de uit 1860 daterende frontpijpen deze druk zonder aanpassing verdroegen, sterkte alle betrokkenen in de overtuiging, dat de hogere winddruk niet het werk van Witte moet zijn geweest, maar waarschijnlijk pas in 1921, vanwege het functioneren van het toen toegevoegde pneumatische systeem, moet zijn ontstaan.

​

 

Ook sporadisch in het pijpwerk aangetroffen diepe kernsteken konden, nu meer bekend geworden is over de intonatiewerkwijze van de orgelmakers Witte, van hun gemakzuchtige toeschrijving aan Witte worden ontdaan. Ze moeten waarschijnlijk worden beschouwd als correcties van incidenteel moeilijk sprekende pijpen na de 20e eeuwse winddrukverhoging.
Langs de hierboven geschetste wegen is het gehele pijpwerkbestand, ook dat van rugwerk en pedaal, doorgenomen en in orde gebracht. Het buitengewoon inspirerende klankbeeld, waarin onderdelen uit een tijdspanne van ruim 350 jaar als eenheid samengaan, maar aan de andere kant ook nog in hun eigen karakter herkenbaar zijn gebleven, kan nu weer als herboren worden beschouwd.Het orgel werd op 2 september 2007, vijftien maanden na de start van de restauratie en exact 245 jaar na de oplevering van het instrument door Bätz op 2 september 1762, in een feestelijke eredienst aan de Evangelisch-Lutherse Gemeente teruggegeven. Het zwelwerk, dat op dat moment nog niet gereed was, is in de doaaropvolgende weken opgebouwd. Daarmee kan dus gesteld worden dat het orgel nu weer voor het eerst sinds lange tijd in volle glorie klinkt. Na een lang restauratieproces staat het nu weer garant voor decennia van inspiratie en luisterplezier voor zowel organisten als toehoorders.